ProPurús ordena sus actividades institucionales a través de dos Programas de Trabajo, los cuales cubren algunas de las principales necesidades de la población indígena y las prioridades de conservación de los recursos del bosque amazónico.

A través del Programa de Gestión de Recursos Naturales y Áreas Protegidas, ProPurús busca consolidar los espacios para la conservación de la biodiversidad amazónica, las cabeceras de cuenca y la promoción del manejo participativo de los recursos naturales.

Con el Programa de Apoyo al Desarrollo de Pueblos Indígenas, se busca el aseguramiento de los territorios indígenas, el fortalecimiento de las organizaciones representativas de los pueblos indígenas y su revalorización cultural. En ProPurús creemos que la diversidad cultural puede ser un factor importante para gestionar la mejora de la calidad de vida de la población.

Ambos programas comparten intervenciones en dos temas críticos, como son Vigilancia Comunitaria, las iniciativas de Comunicación y la Investigación aplicada al desarrollo local.

Nuestra experiencia de trabajo promoviendo la conservación y el desarrollo de la población rural en la Amazonía Peruana nos ha enseñado que no es posible promover el progreso económico si no se ha desarrollado previamente las capacidades locales, en aspectos organizativos y culturales.  Hemos aprendido que el desarrollo de los pueblos depende de mucho trabajo, voluntad, cohesión y la construcción de una visión de futuro en conjunto.